哈尔滨工程大学是首批进入“211工程”建设高校行列的高校之一，由国防科工委、教育部、黑龙江省政府、海军四方共建；2011年，进入国家“985”工程优势学科创新平台项目建设高校行列。学校现隶属于国家工业和信息化部，是我国“三海一核”（船舶工业、海军装备、海洋开发、核能应用）领域重要的人才培养和科学研究基地。

学校历来有重视科研工作的传统，不仅以国内第一艘实验潜艇、第一艘水翼艇、第一台舰载计算机、第一套条带测深仪等数十项填补国内空白的重大科研成果著称，而且还以双工型潜器、气垫船、梯度声速仪等成果摘取过世界第一的桂冠。学校在船海核领域保持着很强的技术储备，水下机器人、船舶减摇、船舶动力、组合导航、水声定位、核动力仿真、大型船舶仿真验证等技术居国内领先或国际先进地位，现已成为我国舰船科学技术基础和应用研究的主力军之一、海军先进技术装备研制的重点单位、我国发展海洋高技术的重要依托力量。当前，学校是我国深海油气开发最核心装备3000米半潜式钻井平台、3000米起重铺管船的设计研发单位之一，是“深海空间站工程”六个系统中三个系统的牵头单位，是“蛟龙号”7000米载人潜水器水下导航定位系统国产化的装备提供方，为我国首条三体搜救艇、万箱集装箱船、自升式钻井平台等新船型开发及深海工程装备研发提供了全面的基础技术支撑。“十一五”以来，承担国家重大科技攻关、国家和国防“973”计划及“863”计划、国防预研和型号等一大批科研项目，获得省部级以上科技奖励260余项。中组部、总装备部等五部委联合授予学校“高技术武器装备发展建设工程突出贡献奖”和“航母建设突出贡献奖”。科研产品质量管理通过ISO9000质量体系认证，是国内高校首家通过“双认证”的大学。牵头成立“深海工程与高技术船舶协同创新中心”，通过工业和信息化部认定。学校设有国家大学科技园，获评“国家级科技企业孵化器”。2013年科技经费到款8.41亿元。

学校现有教职工3083人，其中专任教师1788人，教授395人，副教授510人。教师中有“两院”院士8人（含双聘6人），博士生导师348人，享受政府特殊津贴专家103人，国家级有突出贡献中青年专家4人，“千人计划”3人，“长江学者奖励计划”特聘教授2人、讲座教授4人，教育部“新世纪优秀人才支持计划”入选者21人，“111 计划”基地3个，教育部创新团队2个，国防科技创新团队6个。各类在校生28938人，其中本科生14949人，各类研究生8553人，外国留学生1056人。学校是首批入选“卓越工程师教育培养计划”高校，并被教育部、总政治部列入“21世纪人才强军计划”，是海军在东北地区唯一选拔培养后备军官的依托学校。