基本信息
- 项目名称：
- 甘薯EST-SSR标记的开发
- 来源：
- 第十二届“挑战杯”省赛作品
- 小类：
- 生命科学
- 大类：
- 自然科学类学术论文
- 简介：
- 本研究对甘薯EST序列的SSR引物进行了开发，该研究获得的甘薯EST-SSR标记引物可以用于甘薯材料的亲缘关系鉴定及甘薯基因的定位与克隆。
- 详细介绍：
- 本研究利用现有的甘薯EST序列资源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重复次数分别从1到37次，共发掘出了1120个SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重复是主要的重复类型，二核苷酸有595条占总数的53.12%，三核苷酸有491条占总数的43.83%，其他核苷酸重复所占比例比较少，总计不足5%。共设计出了457对SSR引物，随机选出50对引物作进一步分析，在10个甘薯材料中有23对引物显示扩增，引物可用率为46%；有11对引物显示出多态性，占可扩增引物的52.1%。本研究对甘薯EST序列的SSR引物进行了开发，该研究获得的甘薯EST-SSR标记引物可以用于甘薯材料的亲缘关系鉴定及甘薯基因的定位与克隆。
作品专业信息
撰写目的和基本思路
- EST-SSR标记目前己经被广泛地应用与遗传多样性分析，遗传作图、不同遗传图谱的合并，以及比较作图等。在大麦、黑麦、甘蔗、小麦、水稻、高羊茅、称猴桃、葡萄、棉花、甘蔗、黑麦草、云杉、杏树等多种植物中都建立了EST-SSR标记，目前甘薯尚未建立EST-SSR标记。
科学性、先进性及独特之处
- 本研究所采用的甘薯EST序列为植物基因组序列网站最新更新的序列，而且，目前未见关于甘薯EST-SSR序列分析及标记开发的报道，所选用的软件是被广泛应用，并且是最新版本。
应用价值和现实意义
- SSR标记在自然群体中揭示的变异频率最高，因而这类标记在基因组中具有最高的位点杂合度；并且具有多态性高，共显性遗传，重复性好等特点，是甘薯遗传多样性研究的有效标记。因传统方法甘薯基因组开发SSR标记难度大，开发成本高，费时费力，引物数量偏少，软件可用来直接从EST中快捷的筛选出候选标记，这样开发的费用就很低，效率高，筛选引物成功率高。
学术论文摘要
- 本研究利用现有的甘薯EST序列资源，搜索二核苷酸、三核苷酸、四核苷酸重复次数分别从1到37次，共发掘出了1120个SSR。在甘薯EST-SSR中，二、三核苷酸重复是主要的重复类型，二核苷酸有595条占总数的53.12%，三核苷酸有491条占总数的43.83%，其他核苷酸重复所占比例比较少，总计不足5%。共设计出了457对SSR引物，随机选出50对引物作进一步分析，在10个甘薯材料中有23对引物显示扩增，引物可用率为46%；有11对引物显示出多态性，占可扩增引物的52.1%。本研究对甘薯EST序列的SSR引物进行了开发，该研究获得的甘薯EST-SSR标记引物可以用于甘薯材料的亲缘关系鉴定及甘薯基因的定位与克隆。
获奖情况
- 第十一届“挑战杯”广东大学生课外学术科技作品竞赛三等奖。
鉴定结果
- 无。
参考文献
- [ 1] 侯夫云, 赵兵, 王庆美, 李爱贤, 张海燕, 刘国贞, 张立明. 分子生物学技术在甘薯中的应用. 分 子植物育种 2006:119. [2] 宋吉轩, 张敏, 陈超. Dna分子标记在甘薯遗传育种中的应用. 安徽农业科学 2008;36:13055. [3] 张利达, 唐克轩. 植物est-Ssr标记开发及其应用. 基因组学与应用生物学;2010;03:29:534. [4] 贺学勤, 刘庆昌. 分子标记在甘薯育种中的应用. 内蒙古农业大学学报：自然科学版 2004;25:125. [5] 戴李川, 张明龙, 刘继业, 李小白, 崔海瑞. 用est-Ssr标记检测我国甘蓝型油菜品种的遗传多样性. 生物多样性 2009;5:482. [6] 洪彦彬, 陈小平, 刘海燕, 周桂元, 李少雄, 温世杰, 梁炫强. 源于大豆EST的花生属（Arachis）同源SSR标记的开发及利用. 作物学报;2009;02:36:410. [7] 姜春芽, 徐小彪, 廖娇, 倪志华, 李晶. 猕猴桃est序列的ssr信息分析. 中国农学通报 2009;13:37. [8] 李维国, 冯素萍, 郑学项, 高新生. 用est-Ssr标记分析巴西橡胶树的遗传多样性. 热带作物学报 2009;12:1711. [9] 林元震, 郭海, 刘纯鑫, 黄少伟, 彭昌操, 陈晓阳. 麻风树est-Ssr的筛选和分析. 安徽农业科学;2010:5551.
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- 无。
